Seizoen 3 begint met Layton en zijn naaste medewerkers die het bevel voeren over een kleine “piratentrein” met 10 wagons, op zoek naar Melanie en een mogelijke warme locatie om de beschaving opnieuw op te starten. Ondertussen consolideert Mr. Wilford de macht in de trein, in afwachting van Laytons terugkeer.