In seizoen twee duikt een geheel nieuwe machtsstrijd op, die een gevaarlijke kloof veroorzaakt als mensen verdeeld zijn tussen hun loyaliteit aan Layton en aan Mr. Wilford, die een nieuwe trein, nieuwe technologie en een spelplan heeft dat iedereen in het ongewisse laat. Terwijl Layton de strijd aangaat met Wilford om de ziel van Snowpiercer, leidt Melanie de aanval op een schokkende nieuwe ontdekking die het lot van de mensheid zou kunnen veranderen.